在复查各省财政收支的同时，度支部还着手进行了天法五十年的财政预算制订工作。
省岁出入预算报告册由各省清理财政局编制，编竣后经节度使核准上报度支部，再由度支部汇总各部院上报预算经费，编制全国预算书。
度支部成立后，不仅内部机构做了调整，且作为最高的财政管理机构，着手对全国财政进行清理整顿。
另有收发稽查处（收发文书与催办），设员外郎、主事三人。此外，尚有部务员一百余人，额外司员（郎中、员外郎、主事）四百余人。
各厅、司、库分设郎中、员外郎、主事等官，除金银库人员较少，各厅、司一般有十数人。
财政改革的目的是统一财权，这势必触动官僚集团的既得利益，引起他们的反弹和阻挠。所以在天末改制的过程中，李来亨又借机生起不少大案，惩治贪官，扩大了龙衣卫的权限，造成了情治强力机关尾大不掉的问题。
朝廷针对工商业确实很早就制定了一些优惠政策和奖励措施，如以爵赏奖励工商，借贷官款，参入公股，有时也减免部分货税等。
直到孝宗上位以后，在大长公主李徽柔母子的支持下整顿龙衣卫，才消除了这一隐患。
财政清理作为天末改制的重要措施之一，其目标是以度支部为财政中枢，划分国家税与地方税，办成预算决算。
天法四十八年，由于李来亨病情愈来愈严重，他对于实行改革、挽回多年来穷兵黩武造成的财政困难局面，显得越来越急迫，终于在这年三月开始了史称天末改制的官制改革。
首先以当时的阴历七月为一个会计年度的开始，制订预算决算表，整理财务，派遣人员到各省调查租税及一切行政经费，从而达到“上自皇室，下至地方，巨细无遗”的状态。
从存在的问题来说，首先在于编制预算的准备条件还不成熟，如会计法、国家税地方税划分等法规尚未完善、公库尚未全部统一，贸然编制预算，自然矛盾百出。
在学制改革的旗号下，创设学堂风靡一时，民政部设有警务学堂，度支部设有计学馆，陆军部设有兵学馆，法部设有法律学堂，商部设有实业学堂，工部亦设有艺学馆。
度支部设尚书一人，左右侍郎、左右丞、左右参议各一人。下设承政、参议二厅及田赋、海运、税课、笐榷（盐课）、通阜（货币）、库藏、廉俸、军饷、制用（稽核工程、款项及杂支）、会计十司与一个金银库。
其次，财政预算应根据国家大政方针、施政重点以确定财政收支。
办学经费问题，因此特别重要。
当时朝廷已彻底废除了全部科举制度的残余，实行全面的学制改革，责令各省、府、州、县遍设大学堂、中学堂、小学堂、武备学堂、师范学堂、实业学堂、蒙养学堂等等。
度支部人员花费了大量精力，调查各省岁出入总数，覆查各省岁出入总数、厘订地方税章程、试办各省预算决算，最后编定会计法、会查全国岁出入确数、颁布地方税军程、厘定国家税章程。
财政改革最大的好处，则莫过于使得朝廷对全国的财政规模有了大
此外还有振兴工业的问题，到天法朝末期时，工商税收已经成为顺朝国家财政收入最重要的一大支柱，所以实行重商主义、振兴本国实业以称霸世界市场的舆论越来越强烈。
朝廷宣布按照此前颁布的“厘定官制章程”，改组各部院，将户政府改为度支部，以税务院、盐政院等机构并入。
但天法五十年的预算案纷然杂陈，纯粹是因为李来亨自知时日无多而强行推进的，编制计划缺乏重点。
财政改革是天末改制一切计划的基础源泉，由于改革步骤过大，军费支出又十分庞大，财政问题因此一时间十分突出。
但这些措施大多无明确的法规条文，随意性较大，未能制定出振兴工商业的完整财政政策。至天末改制时，才确立了重商主义的财政政策。
第三，财政预算收支应该平衡，如有赤字，应明确弥补办法。但无论各省还是全国的预算，都是以赤字交议，李来亨坚决不愿意停止同呆迷儿帝国的战争，军费无法减少，预算赤字便极为庞大，只好又发行公债来弥补赤字。
完成初步清理以后，天法四十九年度支部又颁布国家税章程，试办全国预算、全国决算，并在李来亨生前确定了皇室经费和设立审计院的任务。
预算名义上成立了，但这个赤字高达九千万元的财政预算案，各省节度仍纷纷奏请修改，以致预算案有被推倒之虞，度支部不得不两次奏请维持原案，由病危的李来亨亲自出面才压制了所有反对意见。
扶持国家工业，要提供财政政策的支持和优惠，其中减税免税政策是最简单的做法。
尽管有人认为这次预算案是“各种杂乱无章之账簿”，但它却确定了顺朝财政预算制度的基础，也是中国历史上的第一份全国财政预算编制案，为即将到来的孝宗朝财政整理奠定了极为良好的基础。